Web上にあるファイルを開くという行為の為titleの変更は無理だと思います。
(というかそういうタグを書き込めないというか、
ExcelとPDFにそいういう機能が付いていないと無理というか...。)
面倒な事になると思いますが、一つの窓のフレームを作成して、
フレームにファイルのタイトル名を付けてUPするというのは如何でしょうか?
こんな感じで↓
<html><head>
<title>ファイル名</title>
</head>
<frameset cols="*">
<frame src="ExcelやPDFのファイル">
</frameset>
</html>
ファイル分のフレームページは作成しなくてはいけないようになりますが
これならタイトルを自由に変える事は可能でしょう。