overflow: hidden; を消した後の，とんでもない量の余白に気付けば，最小限のソースを作るのはそう難しい作業ではなかったんじゃないかと。
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/strict.dtd">
<html lang="ja">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Shift_JIS">
<meta http-equiv="Content-Style-Type" content="text/css">
<title>テスト</title>
<style type="text/css">
#wrap {
overflow: hidden;
width: 800px; /* IE は width 指定がないと現象が発生しない */
}
#left-column {
border: 1px solid blue;
float: left;
width: 165px;
}
#middle-column {
border: 1px solid red;
float: left;
width: 570px;
/* MacIE5 用のフィルタ？ */
padding-bottom: 30000px;
margin-bottom: -30000px;
}
#footer {
border: 1px solid green;
clear: both;
}
</style>
</head>
<body>
<div id="wrap">
<div id="left-column">
<ul>
<li><a href="#aromatoha">アロマテラピーとは</a></li>
</ul>
</div>
<div id="middle-column">
<p style="height: 1000px; ">↓↓隙間を大きく取ってます↓↓</p>
<h2 id="aromatoha">アロマテラピーとは</h2>
<p>アロマテラピーとは，……。</p>
</div>
<div id="footer">
<address>Copyright 2006</address>
</div>
</div>
</body>
</html>
CSS に関してはオリジナルから抜き出しました（border はこちらで入れました）。マークアップは適当に作成しています（個人的に id 属性の濫用は避けるべきと思いますが，ともかく）。
さて，MacIE5 用のフィルタと称して，万単位の margin/padding-bottom を指定している箇所が複数あります。そして，他のブラウザでは，生じたスクロールバーを overflow: hidden; で消して「誤魔化している」のが，今回の現象の原因です。
MacIE5 に関するスクロールバー制御絡みの工夫だと思うのですが，少なくとも今回のファイルでは全く上手くいってません。real さんの方でオリジナルソースを編集なさいましたか（あるいは，用途の違う CSS だったりしませんか）。
私としては，上記の工夫の意図が不明な以上，overflow: hidden と万単位の margin/paddin-bottom 指定を止めれ，としか言えません。
この工夫に関して，ご存知の方は教えて下さい m(_ _)m。
