理想とする形がよく分からないが、文字列を連結するだけで良いの?
document.getElementById('cookie').value += document.cookie;
もしそうでなければ、手始めに普通の文字列を追加する関数を作ってみては?そうすれば、後は Cookie データを引数として、その関数に渡してやれば良いだけになるし。
それよりも、気になる点が沢山ある。
・HTML と XHTML が混在している。どちらかに統一。
・onclick="javascript:関数名('サイト名','サイトURL')" ← onclick 属性の中で javascript: は不要。むしろ有害とすら言われているので今すぐ忘れるべし。
・escape/unescape 関数はとっくに廃止され、過去との互換性のためだけに残されている。新規にスクリプトを作る際に使うものではない。decodeURI/encodeURI を使うべし。