ええと、用語が混乱していると思うので、まず確認したいのですが、
http://example.com/index.html
というウェブページがあって、同じ example.com 内にある他のページからリンクする場合
<a href="http://example.com/index.html">Homeへ</a>
と
<a href="http://example.com/">Homeへ</a>
のどちらが良いか(双方のメリットとデメリットの違いは何か)というご質問ですか?
それとも、
<a href="./index.html">Homeへ</a>
と
<a href="http://example.com/index.html">Homeへ</a>
のどちらが良いか(双方のメリットとデメリットの違いは何か)というご質問ですか?
前者は「ファイル名の有無の違い」
後者は「相対URIと絶対URI(≠相対パスと絶対パス)の違い」
です。