WinIE 5.0 なのか WinIE 5.5 なのか MacIE 5.x なのかで,話が全然違ってくると思いますが。
とりあえず,確認してませんが,WinIE 5.5 ではノード操作に描画が追い付かなくなると落ちたような記憶があります(記憶違いかもしれません)。ですから,
・対象ノードをいったん document から切り離して,処理後に復帰。
・対象ノードを cloneNode し,複製の方を処理してから replaceChild。
・setTimeout で間隔を微調整。
・obj.innerHTML = '' (まあ,できれば避けた方が良いでしょうが)
> while(obj.childNodes.length>0)
while (obj.hasChildNodes ()) で良いのでは……と思ったのですが,WinIE5.x は対応してないんでしたっけ。
なお,Mozilla/Firefox,Opera,Safari は DOM2-Range が使えますので,
var r = document.createRange ();
r.selectNodeContents (obj);
r.deleteContents ();
の方が速いし負荷も少ないです。